首先查明肛门湿疹原发病灶，如是否为肛瘘、直肠脱垂、内痔脱出、肛门关闭不严等造成，如果经检查确实为以上疾病所致，必须去除原发病灶肛门湿疹才能治愈。如果是不明原因导致的肛门湿疹，一般急性期与亚急性期湿疹可用中药熏洗加全身治疗；慢性湿疹可用中药熏洗或肛周封闭治疗。
急性或亚急性期：
①外洗法：清热解毒，祛湿止痒。中药：黄柏30g、蒲公英30g、百部30g、苦参30g、地丁30g、防风20g、蛇床子20g、地肤子20g，水煎两次混合，坐浴5～10min，每日2次。
②全身治疗：抗过敏治疗：对急性期、亚急性期皮疹较广泛，瘙痒剧烈者可用葡萄糖酸钙10～20ml，缓慢静脉注射；也可用苯海拉明25mg，每日3次口服，以便达到止痒、促进睡眠作用。如果炎症广泛而严重，且其他方法效果不佳时，可用强的松10mg，每日3次口服；地塞米松1.5mg，每日3次口服。对于伴有感染、发热、淋巴结肿大者，可用抗菌素配合治疗。
慢性期：
①外洗法：养血祛风止痒。中药：防风30g、羌活25g、百部25g、当归20g、川椒15g、蛇床子30g、苦参20g，水煎两次混合，坐浴5～10min，每日2次。
②局部封闭：慢性湿疹如果用药效果不佳可考虑注射治疗。具体方法：局部以1%利多卡因麻醉，然后放射状多点将皮肤划开，可选择多个创面，然后，以1%利多卡因10ml加亚甲蓝2ml混合，在湿疹周围皮下注射治疗。注射后可再结合中药坐浴。
